|
|
Strukturní a funkční studie MICAL signalizace v dynamice cytoskeletu
Rožová, Dominika ; Rozbeský, Daniel (vedoucí práce) ; Sulimenko, Vadym (oponent)
Předmětem této práce byl kuřecí protein MICAL1, který se zapojuje do semaforin- plexin signální dráhy a má významný vliv na přeskupování cytoskeletu. Význačná role MICAL1 proteinu je spojována především s naváděním axonů, jelikož destabilizuje aktinová filamenta prostřednictvím své oxidační aktivity. Zaměřili jsme se na objasnění molekulárních mechanismů autoinhibice kuřecího MICAL1 za pomoci metod molekulární a strukturní biologie společně s novými metodami predikce proteinových struktur. Kuřecí MICAL1 byl vyroben v hmyzích buňkách Sf9 bakulovirovým expresním systémem, přičemž byla vyprodukována jak plná, tak zkrácená verze kuřecího proteinu MICAL1. Proteiny jsme charakterizovali kineticky a určili oligomerní stav kuřecího MICAL1 v roztoku. Velké úsilí jsme věnovali rozřešení proteinové struktury pomocí krystalografie, elektronové mikroskopie a predikce v programu Alphafold 2. Na základě výsledků těchto metod jsme vyvodili, že MICAL1 proteiny jsou regulovány skrze svou C terminální doménu, která interaguje s monooxygenázovou doménou. V rámci této interakce tak dojde k autoinhibici kuřecího MICAL1. Vyloučili jsme možnost, že by kuřecí MICAL1 byl regulován změnou svého oligomerního stavu. Výsledky této diplomové práce budou sloužit pro další studium interakce MICAL1 v rámci navazujících diplomových...
|
|
|
Structural and functional studies of signaling molecules in axon guidance
Knapp, Kryštof ; Rozbeský, Daniel (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
V této práci jsme se zaměřili na studium autoinhibičního mechanismu proteinů z rodiny MI- CAL pomocí biochemických, biofyzikálních a bioinformatických metod. MICAL proteiny patří do skupiny flavinových monooxygenas a sehrávají nezbytnou roli v řadě buněčných pro- cesů zejména skrze regulaci dynamiky cytoskeletonu. MICAL-1 je dlouhodobě studován pro svou roli v mechanismu navádění axonu jako efektor repulzivně signalizačních drah, kde pů- sobí destabilizaci aktinových vláken pomocí své oxidační aktivity. Nedávno zveřejněné studie poukazují na to, že MICAL-1 může působit také jako signalizační molekula skrze lokalizo- vanou produkci peroxidu vodíku, která reguluje funkci dalších proteinů. Navzdory tomu, že je dlouhodobě zřejmé, že aktivita MICAL-1 proteinu musí být přísně regulována, přesný mechanismus této regulace dosud není znám. Na základě studia reakční kinetiky a simu- lací molekulové dynamiky MICAL-1 proteinu z křepelky japonské a jeho zkrácené verze bez C-terminální domény, předkládáme nový model pro autoinhibiční mechanismus MICAL-1 proteinů. Domníváme se, že regulace aktivity MICAL-1 proteinů je zprostředkována skrze interakci mezi C-terminální a monooxygenasovou doménou, která brání plné katalytické ak- tivitě. Dále předkládáme důkazy o tom, že regulace aktivity proteinu není ovlivněna...
|
host ::
RSS.